焚烧秸秆形成的烟雾，造成空气能见度下降，可见范围降低，直接影响民航、铁路、高速公路的正常运营，容易引发交通事故，影响人身安全。
秸秆焚烧极易引燃周围的易燃物，导致火烧连营，一旦引发大火，往往难以控制，造成经济损失。尤其是在山林附近，引发山林大火后果不堪设想。
焚烧秸秆时，大气中二氧化硫、二氧化氮、可吸入颗粒物三项污染指数达到高峰值，其中二氧化硫的浓度比平时高出一倍，二氧化氮和可吸入颗粒物的浓度比平时高出三倍。当可吸入颗粒浓度达到一定程度时，对人的眼睛、鼻子和咽喉含有黏膜的部位刺激较大，轻则造成咳嗽、胸闷、流泪，严重时可能导致支气管炎发生。
秸秆持续还田可以减少化肥用量，也可以离田用于填肥，或捆扎后集中堆放、转运、处置。鼓励开展机械收获还田与翻耕同步作业，要求收割机留茬高度不超过15cm，切碎长度不超过10cm，匀抛后进行还田作业，耕作深度达到12cm以上。
过腹还田是将秸秆通过青贮、微贮、氨化、热喷等技术处理，可有效改变秸秆的组织结构，使秸秆成为易于家畜消化、口感性好的优质饲料。
将秸秆粉碎后，与其他配料科学配比作食用菌栽培基料，可培育木耳、蘑菇、银耳等食用菌，能有效地解决近几年食用菌生产迅猛发展与棉籽壳供应不足的矛盾。育菌后的基料经处理后，仍可作为家畜饲料或作肥料还田。
稻草秸秆等属于有机物质，是制取沼气的好饲料。我国的南方北方都能利用，此种方法是生态农业良性循环的模式，适应于现代农村发展的需求，受到群众的热烈欢迎。
农作物秸秆可用作造纸的原料，还可以用作压制纤维木材，能弥补木材资源的不足，减少木材的砍伐量，提高森林覆盖率，使生态环境良性发展。
将秸秆超细粉碎后在反应堆与添加剂一起进行一系列的化学反应，使得秸秆中的纤维具有热塑性。这种材料可以用于薄膜、片材和注塑类的产品制造，可替代石油产品，是一种环保健康材料。
