与细菌相比，病毒种类更丰富、进化速度更快，并且很难采集，因此，致力于寻找病毒药物治疗方法的科学家一直面临着巨大的挑战。近期，英国首相鲍里斯·约翰逊宣布成立一个抗病毒工作组，以“快速增强”新型抗病毒药物开发为首要任务。
在唐宁街的新闻发布会上，约翰逊说：“英国大多数科学观点仍坚定地认为，今年某个时期，将会出现新一波新冠病毒爆发。”他希望在秋季之前成功研制出新型抗病毒药物抵御第三波病毒爆发。
虽然地塞米松和托珠单抗等消炎药物可以降低新冠病毒感染患者死亡率，但这些药物仅用于住院治疗的严重新冠病毒患者，目前约翰逊计划研制一种可以在家中服用的药物，是一种药丸形式的药物，对较轻症状患者起到有效治疗效果，避免他们发展至重症阶段，直到进入医院依靠呼吸机最终结束生命。
研发和批准新型抗病毒药物通常需要几年时间，因为研制新药物过程非常艰苦，需要识别针对病毒的化合物，然后再测试它们的有效性和安全性。出于这个因素，科学家们也在考虑再利用已批准治疗其他病毒或者疾病的现有药物。
不同于可用于治疗多种细菌感染的广谱抗菌素，对一种病毒有效的药物很少对其他病毒有效，例如：最初开发用于治疗丙型肝炎的瑞德西韦曾一度被建议用于治疗新冠肺炎，但临床试验显示，该药物对新冠病毒的治疗效果十分有限。
广谱抗菌素疗效有限的原因是病毒比细菌更具多样性，包括它们存储遗传信息的方式（有些以DNA的形式，有些则以RNA的形式），与细菌不同的是，病毒自身可以被药物靶向的蛋白质构建模块较少。
一种药物要发挥疗效，就必须达到它的治疗靶向，然而普通药物很难实现针对病毒的靶向治疗，因为病毒通过劫持改变人体细胞机制而在细胞内进行复制，药物需要进入这些被感染的细胞，并对人体正常功能所需的过程发挥作用，通常情况下，这种治疗方式能都导致人体细胞的附带损伤，即副作用。
然而，研究人员发现靶向细胞外病毒（阻止它们在复制之前获得立足点）是有可能实现的，但该过程也有一定的困难，这与病毒外壳的属性有关。病毒外壳非常坚固，能够抵抗环境对其宿主的负面影响，只有当病毒到达靶向目标时，它的外壳才会分解或者喷射出包含其基因信息的物质。
该过程可能是病毒生命周期的一个弱点，但控制释放的条件是非常具体的，虽然靶向病毒外壳的药物听起来很有吸引力，但是人类服用之后可能产生毒性较大的副作用。
尽管研发此类药物很难，但目前治疗流感和艾滋病等病毒的药物已开发出来，其中一些药物针对病毒复制和病毒外壳组装的过程，还确定了有希望的冠状病毒药物靶点，但是开发此类药物需要较长时间，而且病毒变异速度很快。因此，即使研究人员能研发出一种药物，不断进化的病毒也可能很快形成相应的耐药性。
药物对抗病毒的另一个问题是，艾滋病毒、乳头瘤病毒和疱疹病毒等可能进入休眠模式，在该状态下，被感染的细胞不会产生任何新的病毒，病毒的遗传信息是细胞中唯一存在的病毒信息，干扰病毒复制或者病毒外壳的药物没有任何活性，所以即使患者服用某些药物，其体内的病毒仍存活下来。
当休眠模式下的病毒再次变得活跃时，相应的症状可能再次出现，这时就需要使用药物进行强化治疗，这期间也会增大病毒的耐药性，因此病毒经历药物诱导的耐药变异的选择时间变得更长。
尽管我们还仅是刚开始了解冠状病毒的生命周期，但有迹象表明，它们可以持续较长时间，特别是在免疫力较弱的患者，很可能导致产生更多耐药病毒株，使治疗变得更加棘手。
目前，医学界认知新冠病毒如何工作的研究在短时间内取得了较大进展，但在开发抗病毒药物方面仍有许多问题亟待解决，预计今年晚些时候，新一波新冠病毒感染会卷土重来，抗病毒专项小组将面临新的挑战。